Вопрос: Как почистить сайт от вирусов?

Вы конечно можете проверить, или почистить свой сайт с помощью локального антивируса, проверить наличие скриптов ведущих на сторонние несанкционированные ресурсы, сменить пароли к базам MySQL, но если вы слабо разбираетесь в этой теме то лучше обратиться к специализированным сервисам. В противном случае можно заразить посетителей сайта(вернуть будет сложно), и что еще хуже — получить запрет на доступ к поисковикам. Для проверки следует воспользоваться бесплатными онлайн сканерами вирусов — VirusTotal, или специализированным сайтом Virusdie, который поможет вам обезвредить действие опасных скриптов, хакерских шеллов, всевозможных вирусов.

Текстовый редактор, к примеру Notepad++ и смотреть каждый файл на хостинге, при возникновении затруднений сравнивать с эталонной версией скрипта CMS или библиотеки. Возможно, не самый быстрый и лёгкий способ, но однозначно самый надёжный.